微生物被拟为土壤养分循环的“转化器”、环境污染物的“净化器”、陆地生态系统稳定的“调节器”。可以说，没有土壤微生物，土壤就失去了活性，就没有了生产能力。然而，我国农业长期过度地依赖化肥，导致土壤中大量的有益微生物菌群遭到破坏，土壤活性下降，最直观的表现就是蚯蚓的缺失。因此，要改善当前土壤生态质量，提高土壤生物肥力，当务之急就是补充土壤有益微生物，施用微生物肥料是最直接有效的方法。
农业部批准登记的微生物肥料产品共有9个菌剂类品种和2个菌肥类品种。
九个菌剂：根瘤菌剂、固氮菌剂、溶磷菌剂、硅酸盐菌剂、菌根菌剂、光合菌剂、有机物料腐熟剂、复合菌剂和土壤修复菌剂。
微生物菌剂具有直接或间接改良土壤、恢复地力、维持根际微生物区系平衡、降解有毒有害物质等作用。
两个菌肥：复合微生物肥料和生物有机肥。复合微生物肥料是把无机营养元素、有机质、微生物菌有机结合于一体，体现无机化学肥料、有机肥料及微生物肥料的综合效果，是化解土壤板结现象、修复和调理土壤，提高化学肥料利用率，提高果实品质及产量的首推肥料。生物有机肥是指特定功能微生物与主要以动植物残体为来源并经无害化处理、腐熟的有机物料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
